Guía práctica para fisioterapeutas autónomos y clínicas: qué cambia con VeriFactu, cómo gestionar las facturas exentas de IVA y cómo hacer la transición desde Excel sin parar la actividad.
Nota legal: contenido informativo general. No sustituye asesoría legal, fiscal u operativa personalizada.
Este artículo es orientativo. La normativa está en desarrollo. Consulta con tu asesor fiscal para tu caso concreto.
Si gestionas una clínica de fisioterapia o trabajas como fisioterapeuta autónomo, la facturación electrónica llega para quedarse. A partir de 2027, emitir facturas en Excel o en un PDF de Word deja de ser válido. Y hay un detalle que confunde a muchos fisios: la exención de IVA no te libra de cumplir con VeriFactu.
Esta guía explica cómo hacer la transición sin errores, con las particularidades concretas del sector sanitario.
La mayoría de fisioterapeutas autónomos llevan años con el mismo flujo: sesión, anotación en papel o Excel, factura en Word al final del mes, PDF al paciente o a la mutua. Funciona, más o menos, hasta que no funciona: un error de numeración, una factura rectificada a mano, un paciente que pide el desglose para su seguro y no encuentras la factura original.
VeriFactu no cambia ese flujo por completo, pero sí pone un requisito claro: necesitas software homologado. El registro de cada factura tiene que quedar sellado digitalmente en el momento de emitirse, no después.
Este es el error más frecuente en el sector. Los fisioterapeutas que prestan servicios terapéuticos emiten facturas exentas de IVA (art. 20.Uno.3 LIVA). Y algunos asumen que, al no haber IVA, VeriFactu no les aplica.
No es así. VeriFactu registra todas las facturas, también las exentas. Lo que cambia con la exención sanitaria es el contenido de la factura, no la obligación de emitirla con software certificado:
Un software genérico de facturación que no gestione bien la exención sanitaria puede generar facturas técnicamente incorrectas aunque el importe sea el correcto. Es uno de los motivos por los que tiene sentido usar una herramienta específica para el sector.
Dentro de una misma clínica pueden coexistir dos tipos de servicios con tratamiento fiscal distinto:
Con VeriFactu, cada tipo de servicio tiene que estar bien configurado en el sistema. Si mezclas en una misma factura conceptos con distinto tratamiento fiscal, el problema se multiplica. Lo más limpio es tener los servicios bien categorizados desde el principio.
Muchos fisioterapeutas facturan parte de su actividad a mutuas de accidentes laborales o aseguradoras privadas. Este flujo tiene sus propias particularidades:
El software tiene que distinguir entre cliente particular y empresa (mutua/aseguradora) para aplicar correctamente la retención y emitir el formato correcto.
Tu asesor gestiona tu contabilidad y tus declaraciones. El sistema con el que emites facturas es responsabilidad tuya. Si sigues enviando un Excel con las facturas del trimestre, el que incumple eres tú. La obligación de emitir con software homologado recae en el autónomo o la clínica que factura.
Al migrar de Excel a un sistema nuevo, muchos reinician la numeración desde 1. Eso genera un hueco en la serie que puede levantar preguntas en una inspección. Lo correcto es continuar desde el último número emitido o abrir una nueva serie correctamente declarada.
Configura cada servicio de tu catálogo con su tipo de IVA correspondiente desde el primer día: terapéutico (exento), bienestar (21%). Si lo dejas en "manual", alguien lo va a equivocar.
El cambio de un sistema manual a uno certificado suele llevar una o dos semanas de configuración. El riesgo no está en el cambio en sí, sino en hacerlo a última hora o sin revisar que todo está configurado correctamente. Una clínica que empieza el proceso en 2026 con calma lo resuelve sin drama. Una que lo deja para enero de 2027 corre el riesgo de emitir facturas incorrectas las primeras semanas del año.
Si usas Halthia, la facturación electrónica con VeriFactu está incluida en todos los planes, con soporte para exenciones sanitarias y configuración por tipo de servicio desde el primer día.
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Los servicios de fisioterapia con finalidad terapéutica (rehabilitación, tratamiento de lesiones) están exentos de IVA según el art. 20.Uno.3 LIVA. Los servicios de bienestar o estéticos sin objetivo terapéutico tributan al 21%. La clave es la naturaleza real del servicio, no solo la profesión del proveedor.
Una factura válida debe incluir número correlativo, fecha de emisión, datos del emisor (nombre, NIF, dirección), datos del cliente, descripción del servicio, base imponible, tipo y cuota de IVA (o indicación de exención), y total. Para 2026, VeriFactu exige además firma electrónica y registro de facturación certificado para muchos negocios.
VeriFactu es el sistema de facturación verificable exigido por la AEAT para autónomos y empresas en España. Obliga a usar software de facturación certificado que envíe cada factura a Hacienda en tiempo real. Afecta a la mayoría de autónomos y empresas a partir de 2025–2026 según tramos.
En general sí, si tu actividad está sujeta a retención (actividades profesionales). El tipo habitual es 15% (o 7% para nuevos autónomos los primeros años). Si facturas a particulares, no aplica retención. Consulta siempre con tu asesor para casos concretos.
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